В октябре 1896 г. умер отец Фрейда, и это стало одной из поворотных точек в развитии психоанализа. Именно в это время впервые употребляется термин «психоанализ», с этого момента начинается самоанализ Фрейда и второй этап развития психоанализа.
На втором этапе развития психоанализа (1896-1923 гг.) происходит постепенный переход от теории травмы к теории инстинктов или влечений (драйвов) [В различных (не только русскоязычных) переводах фрейдовский термин Trieb интерпретируется либо как инстинкт, либо как влечение. Как отмечают Ж. Лапланш и Ж.-Б. Понталис, «фрейдовская концепция влечения как побуждающей силы, не предопределяющей жестко ни формы поведения, ни типа объекта, приносящего удовлетворение, отлична от теорий инстинкта, как традиционных, так и современных, опирающихся на новейшие исследования (ср. понятие паттерна, или схемы поведения, внутренних механизмов "запуска" поведения, особых стимулов-сигналов и пр.)». (Лапланш, Понталис, с. 167.)], т. е. к изучению бессознательных желаний и побуждений, а также того, как последние проявляются внешне. Это был период, в ходе которого возникли основные подходы в понимании функционирования психики: динамический, топографический, энергетический и структурный. Большинство клинических понятий, которые используются в психодинамической терапии, также были первоначально разработаны именно на втором этапе развития психоанализа.
Реакция на смерть отца и признание обострившегося в связи с этим собственного «опытного невроза» заставили Фрейда обратиться внутрь себя и начать исследовать методом свободных ассоциаций наиболее доступный материал — материал снов. Помимо этого интерес Фрейда к сновидениям был обусловлен тем, что они являются нормальными процессами, знакомыми каждому, и в то же время могут служить примером того, как работают механизмы формирования невротических симптомов. Самоанализ позволил Фрейду прийти к заключению, что чаще всего образы и сюжеты сновидений тесно связаны с детскими чувствами, такими как любовь к матери, соперничество с отцом, страх кастрации и т. п., вытесненными с наступлением взрослости, но продолжающими оказывать воздействие на образ жизни человека в виде бессознательных желаний. [Отметим, что вначале метод самоанализа представлялся З. Фрейду основополагающим. Впоследствии он стал более сдержанно относиться к нему, опасаясь подмены им психоанализа в собственном смысле слова. Сегодня многие психоаналитики считают, что самоанализ — особая форма сопротивления психоанализу, связанная с потаканием нарциссизму и устранением главного терапевтического фактора — трансфера. Однако у некоторых авторов (например, К. Хорни) самоанализ рекомендуется и выступает как дополнение к основному лечению, как его подготовка или продолжение.] Результатом этого титанического труда стала появившаяся в 1900 г. фундаментальная работа «Толкование сновидений», собравшая воедино результаты всех предыдущих исследований.