Логика рассуждений Нила не допускала владения частной собственностью
ни отдельным монахом, ни монастырем. Именно поэтому великий князь Иван III предпринял попытку обосновать с помощью идеала Нила секуляризацию церковных и монастырских земель в пользу государства. На Церковном Соборе 1503 г. Иван III «восхоте... у митрополита и у всех владык и всех монастырей села поимати», а все духовенство перевести на жалованье из царской казны. Но великий князь потерпел поражение от иерархически организованного духовенства. Собор признал, что все церковные стяжания «не продаваема, не отдаваема, не емлимы никим и во веки нерушима» и если «князи... или кто от бояр вступитися во что церковное... то будут прокляты в сей вец и будущий». Иван III не решился вступить в открытый конфликт с церковью, и таким образом экономическое положение церкви было законсервировано на долгие годы.
При разрешении вопроса о соотношении духовной и светской властей Нил придерживался позиции, согласно которой каждая из них должна иметь свою сферу деятельности и свои способы и методы ее осуществления. Церковь ограничена только духовной областью, в которой не могут применяться государственные методы воздействия.
Такая позиция определяла отношение мыслителя и к проблеме еретичества. В публицистических спорах остро стоял вопрос о роли государства в преследовании врагов церкви — еретиков. При разрешении этой задачи Нил связал проблему еретичества с постулатом о свободе воли человека. Поиски духовного спасения каждым христианином глубоко индивидуальны и выбираются им самостоятельно по внутреннему убеждению на основе личного опыта и знаний. Он категорически отрицает возможность насилия над свободной волей человека.
«Мнозем ненавидимо... от своей воли отсечение, но свое кождо оправдание лихоимствует». Полное послушание пагубно для человека, ибо у послушного чужой воле и действующего без рассуждения человека «и доброе на злое бывает». В выборе линии поведения большую роль играют опыт и знания, уважение к которым прослеживается во всех рассуждениях сорского старца. Подобные мысли исключают возможность наказания еретика силами и средствами государства, да еще с применением таких жестоких санкций, как смертная казнь. По его мнению, даже церковь не имеет прав преследовать человека за убеждения, она лишь обязана помочь дружеской беседой, советом и наставничеством. Если человек уклонился от правой веры (православия), то только Бог способен внушить ему исправление. Люди не могут «на таковых ни речьми наскакати, ни по- ношати, ни укоряти...». В русской политической мысли Нил прямо поставил вопрос о недопустимости преследования людей за их убеждения и образ мысли.