Обоснование естественных и гражданских прав
Одна из магистральных тем для Джефферсона — обоснование естественных и гражданских прав. После написания Декларации независимости, где он не без колебаний отказался от триады естественных прав Дж. Локка «жизнь, свобода, собственность» в пользу триады «право на жизнь, свободу, стремление к счастью», он неоднократно обращается к этой теме и уже после принятия федеральной Конституции пишет специальное письмо к Дж. Мэдисону с предложением дополнить Конституцию перечнем прав и свобод, где практически предрешает основной перечень Билля о правах 1791 г. и где уже надежно фиксируется локковская триада прав человека (поправка V).
Впоследствии он обосновывает или уточняет свое понимание других естественных прав. Так, он считает неосновательной восходящую к Т. Гоббсу и Дж. Локку идею том, что, вступая в общество, мы якобы отказываемся от каких-либо естественных прав. Право на собственность основано на природных потребностях людей и на средствах, с помощью которых они наделены способностью удовлетворять свои нужды. Каждый человек и любая общность людей имеют право на самоуправление, которое они получают из рук природы. Существуют такие права, которые бесполезно и бессмысленно передоверять государственной власти, поскольку все государственные власти всегда стремятся их нарушать. Это право мыслить и передавать свои мысли устно или письменно, это право свободной торговли, право на личную свободу и неприкосновенность.
Особенно оригинальна его формулировка права на свободный обмен мнениями и информацией: «Право свободной переписки и обмена мнениями, взглядами и информацией между гражданами на основе их общих интересов, как общественных, так и личных, независимо от юрисдикции, под которую эти их общие интересы подпадают... это естественное право и отнюдь не дар какого-либо местного закона». Джефферсон остается рыцарем естественных прав до конца дней своих. «Нет ничего, что нельзя было бы изменить, кроме врожденных и. неотъемлемых прав человека».
Республиканские принципы организации и деятельности государства, по его мнению, должны пронизывать последовательно все уровни — организацию и деятельность федерации (по вопросам внешней и общефедеральной политики), штата (по отношению к гражданам), а также округа, района и отдельного прихода (по всем мелким, но в то же время важным местным вопросам). Полемизируя с Д. Юмом относительно происхождения всякой справедливой власти и ее носителей (большинство, меньшинство, отдельные личности), Джефферсон твердо держался принципа правления большинства, полагая, что лекарством от зла, приносимого демократией, является еще большая демократизация, поскольку от народа можно ожидать несправедливостей в целом меньше, чем от правящего меньшинства.
В последние годы жизни он склонялся к мысли о необходимости и желательности такой организации управления государством, при которой традиционная аристократия богатства и статуса уступила бы место естественной аристократии талантов и способностей.