Общий социально-политический и экономический кризис начала 1990-х
затронул также сферу лечения, реабилитации и профилактики наркомании. Возникли дискуссии о необходимости трансформации существовавшей в советское время системы лечения наркомании; при этом главным аргументом была низкая эффективность применяемых в наркодиспансерах традиционных фармакологических методов лечения, дававших 5% - 10% ремиссии в течение года после прохождения лечения традиционными медикаментозными средствами. По мнению С. Гурского, ведомственная изоляция при советской системе обязывала наркологов действовать строго по инструкции, лишая их возможности поиска новых подходов и стратегий лечения. В эти же годы происходило значительное сокращение бюджетного финансирования наркологических учреждений. Прекратили свою деятельность комиссии при исполкомах Советов и на предприятиях, закрылись многие наркологические отделения на предприятиях (зачастую вместе с предприятиями). Разгосударствление промышленных предприятий привело к тому, что в большинстве случаев новые хозяева отобрали у наркологической службы занимаемые ею помещения. Ликвидация фельдшерских наркологических пунктов и общественных постов привела к исчезновению промышленной наркологии как таковой. В некоторых областях (например, Амурской, Волгоградской, Кировской и Республике Тува) наркологическую службу просто упразднили, передав ее функции психиатрической службе.
В результате, в 1990-х годах появилось большое количество негосударственных структур наркологического профиля. Так, только московской городской комиссией по лицензированию медицинской деятельности на 20 февраля 1997 г. было выдано 140 лицензий по специальности «Наркология» различным юридическим и физическим лицам.
Помимо того, оказалась полностью разрушенной сфера профилактики наркотизма. В советское время уникальным институтом социального контроля являлся комсомол, отвечавший за идеологическую ориентацию молодежи. Первичные комсомольские организации, существовавшие во всех учебных заведениях и на предприятиях, занимались, среди прочего, и профилактикой наркомании. Можно смело утверждать, что в первой половине 1990-х никакой антинаркотической профилактики на государственном уровне не было. На смену ей пришли бесконтрольные потоки информации о наркотиках, их применении и эффектах от употребления как в печатных, так и во все более развивающихся в России электронных СМИ.